آقای هاشمی گلپایگانی پس از فارغ شدن از تحصیل و با رویکردی جدید و با این نگاه که دانشگاه امام صادق علیه‌السلام، دانشگاهی است در خدمت انقلاب اسلامی، نظام گزینش را سامان می‌بخشد به گونه‌ای که ورودی‌های جدید باید شاخصه‌های یک دانشجوی تراز حزب‌اللهی را داشته باشند؛ گزینشی که در ابتدا در کنار آزمون‌های سراسری و دانشگاه آزاد، با برگزاری آزمون در کل کشور به صورت مستقل به جذب دانشجو پرداخته و به تدریج زبانزد خاص و عام می‌شود و سازمان‌ها و نهادهای مختلف را برای الگوبرداری از آن به دنبال خود می‌کشاند. ناگفته پیداست که مسؤولیت اداره گزینش، سِمتی آن‌چنانی حتی در ساختار دانشگاه امام صادق علیه‌السلام نداشته و ندارد، لکن با این حال در طول حدود 13 سال از حضور ایشان در مدیریت گزینش به خاطر علقه و اهمیتی که برای دانشگاه امام صادق علیه‌السلام و برای آن جایگاه قائل بود، هیچ پیشنهاد مدیریتی اعم از دولتی، دانشگاهی و غیر آن را نپذیرفت.
سیدمحمدصالح هاشمی گلپایگانی با فعالیت در گروه معارف اسلامی، به همراه جمعی از اساتید نظیر دکتر خندان، دکتر سوزنچی، دکتر پیغامی و... کتب شهید مطهری را برای نخستین بار در قالب سرفصل‌های «اندیشه اسلامی» گنجانده و دبیرخانه بینش مطهر را با هدف ترویج اندیشه‌های آن استاد بزرگوار پایه‌گذاری نمود. البته وی در این مسیر با ناملایمات فراوانی در درون دانشگاه روبرو بود و از آن جمله اساتید و روحانیون تراز بالایی بودند که حاضر به دست کشیدن از سرفصل‌های سنتی «اصول عقاید» نبودند. پس از آن، همان روند دشوار و طاقت فرسای چندساله را برای گنجاندن سرفصل «تدبر و تفسیر قرآن کریم» بر اساس تفسیر «المیزان» علامه طباطبایی و با دغدغه خارج کردن قرآن از مهجوریت در دروس اسلامی طی کرد. وی در گروه معارف برای درس اندیشه اسلامی و نیز تدبر و تفسیر جلسات مباحثه‌ای را متشکل از اساتید آن درس و قبل از ساعت برگزاری کلاس راه‌اندازی کرده بود که طی آن، اساتید با سلایق و عقاید مختلف راجع به سرفصل مورد بحث به تبادل نظر می‌پرداختند.
اوایل سال تحصیلی 1388 بود که با حکم مرحوم حضرت آیت‌الله همزمان با مدیریت گزینش، به سِمت مدیر گروه معارف اسلامی منصوب می‌شود. وی که همواره با فکر باز، افق‌های دوردستی را پیشِ روی خود متصور می‌شد، در گروه معارف نیز همچون دیگر جایگاه‌هایی که در آن قرار داشت، بدون حاشیه، به دنبال یک تحول بود. از سوی دیگر اعتماد حضرت آیت‌الله نیز به ایشان روز به روز افزوده می‌شد، تا جایی که با قبول پیشنهاد ریاست دانشگاه اوقاف از سوی وی مخالفت فرمودند. اما همه چیز به یکباره و گویا در سناریویی از پیش تعیین شده در مهرماه 1389 تغییر می‌کند...